Foldit - spielerisch Proteine falten

[Krischi]

Die Proteinfaltung (http://de.wikipedia.org/wiki/Proteinfaltung) zu verstehen und simulieren zu können ist eine der größeren aktuellen Herausforderungen aus dem Bereich der Biologie und Medizin.
Zu diesem Zweck gibt es bereits einige Projekte des verteilten Rechnens (http://de.wikipedia.org/wiki/Verteiltes_Rechnen), die sich damit auseinandersetzen (z.B. Folding@home (http://folding.stanford.edu/German/Main)

Eines dieser Projekte, Rosetta@home (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/), hat sich nun in einem Tochterprojekt vor einiger Zeit daran gemacht, einen ganz neuen Ansatz zu versuchen und dabei auch Hilfe u.a. von Microsoft und Adobe bekommen.
Das Ergebnis heißt Foldit (http://fold.it/portal/), wird als Spiel bezeichnet und kann tatsächlich auch als solches betrachtet werden.

Hier lässt man nicht einfach rechnen, sondern es muss selbst Hand angelegt werden.
Man bekommt "rohe" Proteine vorgesetzt, die man mit ziehen, drücken, drehen und einigen automatischen Werkzeugen möglichst nah an ihre korrekte Form bringen muss.
Je nachdem, wie gut man das hinbekommt, gibt es für das Ergebnis mehr oder weniger Punkte, um die man einzeln oder im Team wetteifern kann.

Man tut dabei im Prinzip genau das, was das Rosetta-Programm sonst im Alleingang täte.
Daher sind Sinn und Zweck des ganzen auch direkt mit Rosetta vergleichbar.
Man hofft jedoch, auf diesem Wege auch Nutzen aus der menschlichen Intuition ziehen zu können. Und von der braucht man ne Menge. Das ganze ist mehr ein Glücks- oder Geduldspiel. Aber irgendwie machts Spaß.

Das Projekt ist aktuell in der Beta-Phase, aber durchaus benutzbar. Versionen gibt es für Linux, Windows und Mac.
Zur Anmeldung reicht eine E-Mail-Adresse (und Spitzname und Passwort natürlich).
Das Programm liegt in englischer Sprache vor, ist aber trotz verwendeter Fachbegriffe gut verständlich. Die Einführung erfolgt durch einige einfache "Puzzle", die auch offline bearbeitet werden können. Vorkenntnisse in den entsprechenden Bereichen der Medizin/Biologie sind bestenfalls begrenzt nützlich und nicht nötig.
Weitere Puzzle mit aktuellen Proteinen gibts über das Spiel online.
Aktuell (bis zum 31.) gehören dazu auch Aufgaben des CASP (http://de.wikipedia.org/wiki/CASP)-Experiments.

Nähere Informationen gibts unter http://fold.it/portal/

Sollte bei jemandem Interesse geweckt worden sein: Viel Spaß :)
Vielleicht sieht man sich im Ingame-Chat.

[Jimmi]

Dr. Baker strikes again ... ;-)

Gibt es denn auch die Moeglichkeit die besten Vorhersagen fuer die "Puzzel" mal anzuschauen? Schade, dass nicht mehr von den CASP Targets drinn sind.

J.

[Krischi]

Gibt es denn auch die Moeglichkeit die besten Vorhersagen fuer die "Puzzel" mal anzuschauen? Bisher noch nirgends entdeckt. Wäre aber überrascht, wenns das nicht irgendwann auch gäbe.
Die Informationspolitik bei Rosetta selbst ist ja eigentlich auch vorbildlich.

Schade, dass nicht mehr von den CASP Targets drinn sind.Für mehr CASP gibts ja noch Rosetta selbst und vor allem auch POEM@Home (http://boinc.fzk.de/poem/)
Auch wenn man bei denen nicht selbst rumfummeln kann. :D

[Jimmi]

Die Informationspolitik bei Rosetta selbst ist ja eigentlich auch vorbildlich.

Aber veroeffentlicht Rosetta@Home seine Resultate? Hab nur so ein paar von den Highlights gefunden, aber das sind auch nur eine handvoll.

Ansonsten ist das Spiel ganz amuesant, wobei ich mich gerade nicht einloggen kann .. bloedes System.

J.

[Krischi]

Aber veroeffentlicht Rosetta@Home seine Resultate? Hab nur so ein paar von den Highlights gefunden, aber das sind auch nur eine handvoll.
Meinst Du das?
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_articles.php
Sieht, wenig aus, ist aber schon mehr, als so manch andres Projekt vorzuweisen hat.
Das sind auch nur die Berichte über Rosetta.
Ich mein, in den Foren stünden häufiger mal Verweise, kann mich aber auch irren.

http://depts.washington.edu/bakerpg/ hingegen gibt schon wesentlich mehr her.

Des weiteren wird es wohl noch Veröffentlichungen Projekten geben in die Rosetta und/oder das Baker Lab kooperativ eingebunden sind und die die Rosetta-Software jenseits von BOINC verwenden.
Aber das is ja dann weder Sache von D. Baker, noch seines Fachbereichs und auch nicht von BOINC oder Rosetta@home :D

[ardesh]

gibts da schon ne linuxforen gruppe?

[Jimmi]

Ja veroeffentlichen tuen die sehr viel das stimmt. Dr. Baker hat ja quasi jeden Monat einen Artikel in Nature/Science oder einem aehnlichen Blatt.
Ich dachte aber eher an eine Seite wo zu den Puzzeln (im Falle von Fold.it) immer sowas wie die besten Loesungen als PDB Files zu finden waeren .. oder sowas.

J.

[Krischi]

Da gibts bei Rosetta nur das (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_top_predictions.php) und wenns da .pdb-Dateien gibt, dann nur die, mit denen verglichen wurde.
Aber wen kümmern schon anderer Leute Vorhersagen? Die eigenen sind doch viel schöner. :D
Und dafür gibts immerhin die schöne Anleitung unter http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_view_predictions.php
Hab mir ne Zeit lang gern Hintergrundbilder draus gemacht :D

Bei Foldit scheints das bisher auch noch nicht zu geben, aber könnte man ja mal anregen.
:)


gibts da schon ne linuxforen gruppe?
Nö.
Zumindest bisher.
Was nicht ist kann ja noch werden.

[Jimmi]

Ich finde das (zumindest fuer Fold.it) gar nicht mal so uninteressant sich mal Proteine mit besserem Score anzuschauen und zu sehen wo die "besser" sind. Ich faende es auch interessant irgendein PDB File laden und dann rumwigglen zu koennen ... aber vielleicht kommt das ja noch.
Fuer Rosetta@Home geb ich dir Recht, da interessiert es mich wirklich nicht, da kann man ja ohnehin keinen Einfluss auf mein Ergebnis nehmen.

Schoen sind Proteine allemal .. aber dafuer braucht man die Struktur ja nicht unbedingt selbst bestimmt zu haben .. pdb.org und pymol sollten da Tonnenweise Moeglichkeiten fuer gute Bilder bieten.

J.

[hoschi_of]

Ich bin schon bei folding @home eingespannt.



gibts da schon ne linuxforen gruppe?


Nö, aber 'ne linux-club -gruppe http://www.linux-club.de/viewtopic.php?f=68&t=93587 .

[Julius]

das ist ja mal ne geile sache ;)

[Flightbase]

das lf.de team bei folding@home ist ja leider massiv eingeschlafen.
nun ja, vielleicht werfen ja ein paar leute ihre schlafenden kerne mal wieder an. gerade jetzt im mehrkern-zeitalter sollte man doch nen core order 2 frei haben ;)

greets, Nik

p.s.: die f@h teamnummer ist 2682 :)

[hoschi_of]

p.s.: die f@h teamnummer ist 2682 :)

Muss noch eine WU fertig machen, dann werd ich mal zu Team 2682 wechseln. :)

[Krischi]

Muss noch eine WU fertig machen, dann werd ich mal zu Team 2682 wechseln. :)Was ja je nach WU noch bis zu einigen Wochen dauern kann. :D
Hatte letztens erst wieder eine, die grob überschlagen ungefähr 700 Stunden brauchte :ugly:

[hoschi_of]

Was ja je nach WU noch bis zu einigen Wochen dauern kann. :D
Hatte letztens erst wieder eine, die grob überschlagen ungefähr 700 Stunden brauchte :ugly:

Hab diesmal 'ne relativ kleine abbekommen 1% in 40min rechnen.:D

[Krischi]

Hab diesmal 'ne relativ kleine abbekommen 1% in 40min rechnen.:DDas find ich aber eher Mittlemaß. "Relativ klein" find ich was anderes. Gibt ja auch welche, die in 1-2 Stunden komplett durchlaufen.

Bis Ende der Woche rechne ich hier noch CASP-Pakete für POEM und Rosetta.
Nächste F@H-WU gibts von mir also frühestens nächste Woche. Nach der Monster-WU neulich und generell längerer BOINC-Pause hab ich da allerdings noch ein wenig Nachholbedarf. Vor allem bei den Projekten aus dem World Community Grid.
Ich werd aber versuchen, zumindest 14-tägig mindestens eine F@H-WU durchzudrücken.

[hoschi_of]

So, letzte WU fertig und Team jetzt erfolgreich gewechselt.

[Krischi]

So, letzte WU fertig und Team jetzt erfolgreich gewechselt.So is fein. Brav. *tätschel*

Übrigens:
Schon für F@H oder etwas anderes zu rechnen ist kein Hindernis, Foldit auszuprobieren ;)

[hoschi_of]

So is fein. Brav. *tätschel*


Ja, ja, ich klopf mir schon den ganzen Tag selber auf die Schulter. :D